あまりに作業がスムースだったので、もしかしたらナットを締めすぎたのかもしれません。
これを少しゆるめればもう少し開放的な鳴りが帰ってくるかもしれませんね。
フェンダー系のネックネジも締め具合で音が変わるのでそれと似たようなことが起こるはずです。
よくUS製と日本製の楽器、ビンテージと近年製造品の音の違いが語られますが
もしかしたらパーツの精度の甘さや組み込みのネジの締め具合などが大きく関係しているのかもしれないと感じた本件でした。
ギターをいじる人はトルクメーター付きのドライバーやボックスレンチを持っておいた方がいいかもしれません。